故事讲述的是在近未来的某个时间，人们已经不生存在自然世界中，而是生活在Romdo（穹顶）里；人类不需要感情的存在，只要遵守秩序，就能成为良好市民，维持生命。故事从移民Vincent来到穹顶开始，他的监护人Re-I是个美丽的警局工作人员，同时也是穹顶最高执政者的孙女。Vincent到来后不久，穹顶就发生了多起杀人事件，并有许多autoreiv被感染（autoreive为智能型机器人，有工作型、伴侣型、宠物型等等，所谓的感染即是被cogito侵蚀，简单来说就是产生了自我意识和情感），Re-I着手调查此事，新上任的警备局局长Raul也带着他的autoreiv出动。在此期间，Vincent的autoreiv感染死亡，并出现巨大的怪物追击他；Re-I在自己家中被怪物袭击，惊吓过度被送进医院。灰暗的画面，琐碎的情节，支离地构筑起Romdo的管理执法体系以及错综的人物关系；直到Vincent被当作违法者，而他又误会Re-I出卖了自己，心灰意冷之下，明白自己无法成为良好市民的他逃离了Romdo用在旁人看来是自杀一样的方法。之后，故事出现了转机，令人惊讶的发现原来世界上并不只有Romdo的存在。Vincent开始了寻找自我的旅行，虽然一开始他根本没意识到自己和别人有何不同，带着被感染的宠物型autoreiv Pino，被穹顶外的人们所救，和他们一起与企图消灭他们的机器战斗，惊喜地发现Re-I竟然来寻找自己，目击战斗中人们的死亡，让谎言变成现实。请活着的人送因为无法适应外界空气的Re-I回穹顶，而他，选择出走，带着Pino，乘着风船，那是一只不畏前途险恶的兔子。旅途中，Vincent遇到形形色色的被称作Proxy的人物，也逐渐明白自己亦是Proxy，不是人类，却不愿承认。Re-I为了揭开穹顶的秘密再次找到Vincent，带着困惑，带着可以杀死Proxy的武器。战战兢兢的，不是害怕被杀死却仍将武器还给Re-I的Vincent(男主），不是失去了自己的autoreiv和王子的美女姐姐（女主)，也不是喜欢穿狐狸套装学会了快乐和难过的天真少女（Pino）；战战兢兢的，是观众，揣摩着Vincent和Re-I若即若离的情感，猜测着Romdo的命运。当最后Pino一把抓住从崩坏的穹顶中跳下的Re-I时，悬着的心放下了一半；当Re-I笑着说要去接Vincent时，故事迎来了结局，和另一种意义上的开始！